Gian đoạn thứ hai: từ năm 1884 đến 1954.

Năm 1890 cả nước có 708.000 giáo dân; 09 Giám mục, 575 linh mục, tu sĩ (trong đó có 356 linh mục người Việt Nam), 930 nhà thờ; năm 1910 tăng lên thành 900 ngàn giáo dân; năm 1939 có 1.544.756 giáo dân, 1.662 linh muc, tu sĩ (trong đó có 1.343 linh mục là người Việt Nam); 979 giáo xứ, cụ thể:

Miền Bắc có 1.151.653 giáo dân, 1.132 linh mục, tu sĩ (trong đó có 932 linh mục người Việt Nam), 633 giáo xứ.

Miền Trung có 170.573 giáo dân, 264 linh mục, tu sĩ (trong đó có 203 linh mục người Việt Nam), 178 giáo xứ.

Miền Nam có 222.539 giáo dân, 266 linh mục, tu sĩ (trong đó có 208 linh mục người Việt Nam), 168 giáo xứ

Về tổ chức, để đáp ứng việc cai quản khi số lượng tín đồ tăng khá nhanh, năm 1895, Giáo hoàng Lê Ông XIII lại tiếp tục chia địa phận Tây Đàng ngoài thành 02 địa phận là Địa phận Tây (Hà Nội) và địa phận Đoài (Hưng Hóa); sau đó năm 1901 Giáo hoàng Lê Ông XIII lại chia địa phận Tây thành 02 địa phận là địa phận Tây và địa phận Thanh (Phát Diệm). Năm 1913, Giáo hoàng Pi - Ô X chia địa phận Bắc Đàng trong thành 02 địa phận là địa phận Bắc (Bắc Ninh) và Phủ doãn Tông tòa Lạng Sơn. Năm 1932, Giáo hoàng Pi- Ô XI chia địa phận Thanh  (Phát diệm) thành 02 địa phận là Địa phận Phát Diệm và địa phận Thanh Hóa; chia địa phận Đông Đàng trong thành 02 địa phận là Địa phận Quy Nhơn và địa phận Kon Tum.

Năm 1952, Tòa thánh Vatican bắt đầu thiết lập tòa Khâm sứ ở Đông Dương và đặt tại Phú Cam (Huế); năm 1951, Tòa Khâm sứ chuyển về Hà Nội. Cũng trong thời gian này, đạo Công giáo bắt đầu có sự phát triển nở rộ của các dòng tu hoặc là từ nước ngoài truyền vào hoặc là được thành lập ở Việt Nam. Tính theo thời gian, có các dòng tu sau:

Các dòng tu nam gồm có: (1) Dòng Tên vào Việt Nam từ thời Chúa Trịnh, Chúa Nguyễn,  song sau một thời gian mất dần ảnh hưởng thì năm 1957 chính quyền Ngô Đình Diệm cho Dòng Tên hoạt động trở lại. (2) Dòng Đa Minh vào Việt Nam từ thế kỷ XVI có ảnh hưởng lớn ở các địa phận Bùi Chu, Thái Bình, Hải Phòng, Bắc Ninh; năm 1930 có ảnh hưởng thêm ở vùng Lạng Sơn. (3) Dòng La San vào Việt Nam năm 1886 qua các giáo sĩ người Pháp và dòng La San mở rất nhiều trường dạy học. (4) Dòng Xi Tô Thánh gia Việt Nam lập ra năm 1918 tại Huế, sau đó mở ra đến tỉnh Ninh Bình, Đồng Nai. (5) Dòng Biển Đức lập ra ở Đà Lạt năm 1936, sau đó ra Huế. (6) Dòng Chúa Cứu thế đến Việt Nam năm 1925. (7) Dòng Thánh Tâm lập ra ở Huế năm 1925. (8) Dòng Phanxicô anh em hèn mọn đến Việt Nam năm 1929. (9) Dòng Thánh Giuse lập ra ở Quy Nhơn năm 1931. (10) Dòng Bôscô vào Việt Nam những năm 1940. (11) Dòng Gioan Thiên Chúa vào Việt Nam những năm 1938….

Các Dòng tu nữ gồm: (1) Dòng Mến Thánh giá lập ra ở Đàng ngoài năm 1670, ở Đàng Trong năm 1671 với lễ khấn đầu tiên của những nữ tu ở miền Kiên lao, Bùi Chu, Hà Nội; sau đó mở ra một số cơ sở gọi là hội dòng như: Huế (1719), Cái Nhum (1800), Thủ Thiêm (1840), Cái Mơn (18474), Vinh (1846), Chợ Quán (1852), Qui Nhơn (1932). (2) Dòng Cát Minh vào Việt Nam năm 1861 với cơ sở đầu tiên ở Sài Gòn. (3) Dòng Phao Lô truyền vào Việt Nam năm 1860 với cơ sở đầu tiên được xây dựng tại Sài Gòn, Hà Nội. (4) Dòng Chúa Quan phòng vào Việt Nam năm 1876 với các cơ sở đầu tiên ở vùng Tây Nam bộ. (5) Dòng Đức bà Truyền giáo vào Việt Nam từ năm 1924 với cơ sở đầu tiên ở Phát Diệm, Thanh Hóa. (6) Dòng Đức Bà lập ra đầu tiên ở Hà Nội vào năm 1934. (7) Dòng Biển Đức truyền vào Việt Nam năm 1935 với cơ sở đầu tiên ở Buôn Ma Thuột. (8) Dòng Ảnh Phép lạ ở Kon Tum năm 1947

  Gian đoạn thứ ba: từ 1945 đến nay

Theo thống kê của Giáo hội Công giáo, năm 1960 cả nước có 2.096.540 giáo dân, 23 Giám mục, 1.914 linh mục, 5.789 tu sĩ và 1.530 chủng sinh; năm 1975 cả nước có trên 3.5 triệu giáo dân. Cũng trong thời gian này các thừa sai bắt đầu quan tâm hơn đến việc truyền giáo lên vùng đồng bào DTTS, vì trước đây công cuộc truyền giáo đến vùng đồng bào DTTS phần lớn chỉ mới diễn ra ở vùng Tây Bắc và Tây nguyên.

Ở Tây Bắc, năm 1876, đạo Công giáo đã được truyền lên vùng  này trước hết là ở Lạng Sơn rồi sau đó mở rộng ra các vùng Cao Bằng, Bắc Cạn, Thái Nguyên, Tuyên Quang, Hà Giang, song sự phát triển ở giai đoạn này mang lại kết quả không cao. Đến năm 1954 cả vùng Tây Bắc có chưa đầy một trăm người, chủ yếu là người Mông theo đạo Công giáo ở vùng Sa-Pa,  nơi nghỉ mát của các quan chức tư sản người Pháp. Sau này, đồng bào DTTS ở vùng Tây Bắc tin theo đạo Công giáo ngày càng nhiều và hiện nay đã có trên 40 ngàn đồng bào DTTS là tín đồ đạo Công giáo nằm rải rác ở các địa bàn Lạng Sơn, Phát Diệm, Bắc Ninh, Thanh Hóa….

Ở vùng tây Nguyên, năm 1765 đạo Công giáo đã được truyền đến vùng Tây Nguyên, đầu tiên là Kon Tum sau đó đến Gia Lai, Đăk Lăk, Lâm Đồng… Việc truyền bá đạo Công giáo ở vùng Tây Nguyên mang lại kết quả khả quan hơn vùng Tây Bắc  vì năm 1977 Tây Nguyên  đã có trên 100 ngàn giáo dân là đồng bào DTTS ở 03 địa phận Kon Tum, Buôn Mê Thuột,  Lâm Đồng. Đến năm 2004 tại 03 giáo phận Công giáo ở Tây Nguyên đã có trên 257 ngàn tín đồ đạo Công giáo là người đồng bào DTTS.

Trong giai đoạn này, cùng với sự tăng trưởng về số người theo đạo thì Giáo hội Công giáo Việt Nam cũng trưởng thành về mặt tổ chức. Năm 1933, sau đúng 400 năm đạo Công giáo truyền vào Việt Nam, lần đầu tiên Tòa Thánh Vatican phong chức Giám mục cho một người mang quốc tịch Việt Nam đó là ông Nguyễn Bá Tòng. Sau đó, ngày 24/11/1960, Giáo hoàng Gioan XXIII ra Tông hiến Venarabilium Nostrorum thiết lập hàng Giáo phẩm Công giáo ở Việt Nam, đồng thời tất cả các Tòa Giám mục của các địa phận lúc này đều được nâng từ Hiệu tòa lên Chính tòa.

Sau năm 1954, ở miền Nam một số địa phận mới được thành lập, cụ thể: năm 1955, giáo hoàng Pi-ô XII lập địa phận Cần Thơ; năm 1957 Giáo hoàng Pi- Ô XII lập địa phận Nha Trang; năm 1960, Giáo hoàng Gio- An XXIII lập địa phận Long Xuyên, lập địa phận Đà Lạt; năm 1963, Giáo hoàng Gio-An XXIII lập địa phận Quy nhơn; năm 1965, Giáo hoàng Phaolo VI lập địa phận Xuân Lộc; năm 1967, Giáo hoàng Phao lô VI lập địa phận Buôn Mê Thuột; năm 1975, Giáo hoàng Phaolô VI lập địa phận Phan Thiết; năm 2007 giáo hoàng Benêdichto XVI lập địa phận Bà Rịa…Đặc biệt trong giai đoạn này Giáo hội Công giáo Việt Nam cũng đã thành lập 07 đại chủng viện để đào tạo nhân sự cho giáo hội, cụ thể:

(1)   Đại chủng viện thánh Giuse – Hà Nội thành lập năm 1971 dựa trên cơ sở Tiểu chủng viện Thánh Giaon (1954); Đại chủng viện thánh Giuse – Hà Nội đào tạo chủng sinh các địa phận: Hà Nội, Hải Phòng, Hưng Hóa, Bùi Chu, Phát Diệm, Bắc Ninh, Thái Bình, Lạng Sơn.

(2)  Đại Chủng viện Huế lập năm 1994 dựa trên cơ sở Chủng viện Huế (1962) đào tạo chủng sinh cho các địa phận Huế, Kon Tum, Đà nẵng.

(3) Đại Chủng viện Vinh – Thanh lập năm 1988 dựa trên cơ sở Đại Chủng viện Xã Đoài (Nghệ An), đào tạo chủng sinh cho các địa phận Vinh, Thanh Hóa.

(4) Đại chủng viện Sao Biển (Nha Trang) thành lập năm 1991, đào tạo chủng sinh cho các địa phận Nha Trang, Quy Nhơn, Ban Mê Thuột.

(5)  Đại Chủng viện Thánh Giu Se TP Hồ Chí Minh thành lập năm 1986 dựa trên cơ sở chủng viện Thánh Giu se năm 1886 dưới thời Giám mục Miche, đào tạo chủng sinh cho các địa phận: Tp Hồ Chí Minh, Phú Cường, Mỹ Tho.

(6)  Đại Chủng viện Thánh Quí (Cần thơ) thành lập năm 1988 đào tạo chủng sinh cho các địa phận Cần Thơ, Vĩnh Long, Long Xuyên.

(7) Đại Chủng viện Thánh Giuse Xuân Lộc (Đồng Nai) thành lập năm 2010 trên cơ sở phân viện Xuân Lộc thành lập năm 2006, đào tạo chủng sinh cho các địa phận Xuân Lộc, Bà Rịa, Phan Thiết, Đà Lạt

Cũng trong giai đoạn này, một sự kiện quan trọng khác đánh dấu sự trưởng thành của Giáo hội Công giáo Việt Nam đó là  sau khi miền Nam giải phóng, thống nhất đất nước; ngày 24/4 đến ngày 01/5/1980, tại Hà Nội đã triệu tập Đại hội toàn thể Giám mục ở Việt Nam để thống nhất thành lập Hội đồng Giám mục Việt Nam. Hội đồng Giám mục Việt Nam bao gồm tất cả các Giám mục đang thi hành phận sự mục vụ tại các địa phận Công giáo ở Việt Nam. Hội đồng Giám mục Việt Nam có nhiệm vụ “cổ vũ tính liên đới để phát huy các thiện tích mà Giáo hội dâng hiến cho Chúa bằng các hình thức tông đồ và các phương pháp thích hợp với hoàn cảnh của thời đại, trong tinh thần gắn bó với dân tộc và đất nước”.

Cơ cấu tổ chức của Hội đồng Giám mục Việt Nam gồm: Ban thường vụ, không quy định số lượng với các chức danh như sau: Chủ tịch, một hoặc nhiều Phó Chủ tịch; Tổng thư ký, một hoặc nhiều Phó Tổng thư ký (Phó Tổng thư ký có thể là linh mục). Để giúp cho Hội đồng Giám mục Việt Nam sẽ có các ủy ban do các Giám mục phụ trách, cụ thể: Ủy ban Giám mục về Giáo lý; Ủy ban Giám mục về phụng tự; Ủy ban Giám mục về Thánh nhạc và Nghệ thuật Thánh; Ủy ban Giám mục về Giáo sĩ và Chủng sinh; Ủy ban Giám mục về Tu sĩ; Ủy ban Giám mục về giáo dân; Ủy ban Giám mục về Kinh thánh; Ủy ban Giám mục về Văn hóa; Ủy ban Giám mục về Phúc âm hóa.

Hội đồng Giám mục Việt Nam sau khi thành lập đã ra Thư chung  gửi toàn thể linh muc, tu sĩ, giáo dân cả nước, gọi là thư chung năm 1980. Tại thư chung năm 1980, ngoài những nội dung thông tin về Đại hội Giám mục toàn quốc, về đường hướng hoạt động mục vụ thì Thư chung năm 1980 còn tỏ rõ tình cảm và trách nhiệm của người Công giáo với đất nước “yêu Tổ quốc, yêu đồng bào đối với người Công giáo không những là tình cảm tự nhiên phải có mà còn là đòi hỏi của phúc âm”. Đồng thời Thư chung 1980 đã chủ trương xây dựng một Hội thánh của Chúa Giêsu Kitô tại Việt Nam gắn bó với dân tộc và đất nước, cùng đồng bào cả nước xây dựng và bảo vệ tổ quốc, cụ thể “ Là hội thánh trong lòng dân tộc Việt Nam, chúng ta quyết tâm gắn bó với vận mệnh quê hương, noi theo truyền thống dân tộc mà hòa mình vào cuộc sống hiện tại của đất nước. Công đồng dạy rằng phải đồng tiến với toàn thể nhân loại và cùng chia sẻ một số phận trần gian với thế giới. Vậy chúng ta phải đồng hành với dân tộc mình, cùng chia sẻ một cộng đồng sinh mạng với dân tộc mình, vì quê hương là nơi được Thiên chúa mời gọi để sống làm con của người. Đất nước này là lòng Mẹ cưu mang chúng ta trong quá trình thực hiện ơn gọi làm con Thiên Chúa; dân tộc này là công đồng mà Chúa trao cho chúng ta để phục vụ với tính cách vừa là công dân, vừa là thành phần dân Chúa… Sống phúc âm giữa lòng dân tộc…”

Đến các kỳ Đại hội sau này,  Hội đồng Giám mục Việt Nam tùy theo từng chủ đề mà ra những thư chung hoặc thông báo để cụ thể hóa đường hướng hoạt động xã hội của giới Công giáo Việt Nam. Đặc biệt, trong tinh thần “Sám hối và hòa giải” năm 2010, giới Công giáo lại một lần nữa bày tỏ tinh thần, tình cảm và trách nhiệm của mình đối với đất nước, dân tộc qua việc khẳng định  đường hướng tiến bộ đã xác định trong Thư chung năm 1980 và tiếp thu các ý chỉ của Giáo hoàng Bê Nê Đích Tô XVI đối với Giáo hội Công giáo Việt Nam qua huấn từ năm 2009 và Sứ điệp năm thánh 2010.

Một vấn đề quan trọng nữa trong đời sống của người Công giáo Việt Nam trong giai đoạn này là duy trì mối quan hệ với Tòa thánh Vatican. Sau cách mạng tháng 8/1945 thành công, bên cạnh việc vẫn chấp thuận mối quan hệ về tổ chức giữa Giáo hội Công giáo Việt Nam với Tòa thánh Vatican thì trong Sắc lệnh 234/SL-NN ngày 14/6/1955 do Chủ tịch Hồ Chí Minh ký ban hành đã nói rõ về việc “Chính quyền không can thiệp vào nội bộ các tôn giáo. Riêng về Công giáo, quan hệ tôn giáo giữa Giáo hội Công giáo Việt Nam với Tòa thánh La Mã là vấn đề nội bộ Công giáo”.  Do đó các hoạt động như việc các Giám mục Việt Nam về Roma chầu Giáo Hoàng, viếng mộ thánh Tông đồ Pêrô và Phaolô, việc dự Thượng Hội đồng Giám mục, việc tiếp nhận phong chức, phong phẩm từ Vatican đối với các Giám mục, Giám quản, Tổng Giám mục, Hồng y được diễn ra bình thường.

Từ năm 1989, cùng với quá trình đối mới đất nước và việc mở rộng quan hệ hợp tác quốc tế, giữa Nhà nước Việt Nam và Vatican đã có mối quan hệ hợp tác quốc tế thông qua việc hai bên định kỳ gặp nhau để trao đổi các vấn đề hai bên cùng quan tâm. Ngày 01/7/1989, Hồng y Roger Etchagaray đại diện Giáo hoàng Gio-an Phao -lô II đã đến Việt Nam mở đầu cho mối quan hệ giữa Nhà nước Việt Nam và Vatican. Sau đó hàng năm, đại diện Chính phủ Việt Nam và Vatican đều gặp nhau, hoặc ở Việt Nam hoặc ở Vatican.

Ngày 25/01/2007, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng đến thăm Vatican và có cuộc hội kiến với Giáo hoàng Bê-nê-đích-tô XVI đánh dấu bước tiến mới trong quan hệ giữa hai bên. Tại Vatican, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng đã phát biểu về mối quan hệ giữa Việt Nam và Vatican như sau “Chính phủ Việt Nam luôn coi trọng mối quan hệ với Tòa thánh Vatican. Chính phủ Việt Nam chủ trương tiếp tục quá trình đối thoại trực tiếp với Vatican dựa trên cơ sở những nguyên tắc mà hai bên đã thỏa thuận là tôn trọng lẫn nhau, không can thiệp vào công việc nội bộ của nhau. Việt Nam muốn Tòa thánh Vatican có tiếng nói khích lệ cộng đồng Công giáo Việt Nam luôn gắn bó với đất nước và dân tộc, làm nền tảng cho sự phát triển quan hệ giữa Việt Nam và Vatican”.

Đặc biệt, tháng 12/2009, tại Vatican đã diễn ra cuộc gặp lịch sử giữa Giáo hoàng Bê-nê-đích-tô XVI với Chủ tịch nước Nguyễn Minh Triết. Tại cuộc hội đàm, Chủ tịch nước Nguyễn Minh Triết nêu rõ nhà nước Việt Nam luôn tôn trọng, đảm bảo quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo của nhân dân và thực hiện đoàn kết tôn giáo trong khối đại đoàn kết toàn dân tộc. Chủ tịch nước Nguyễn Minh Triết cũng đánh giá cao lời chỉ dạy của Giáo hoàng  Bê-nê-đích-tô XVI với giới Công giáo Việt Nam qua Huấn từ cho các Giám mục Việt Nam nhân dịp đi Ad Limina vào tháng 6/2009, trong đó xác định “một giáo dân tốt đồng thời là một công dân tốt”. Giáo hoàng Bê-nê-đích-tô XVI cảm ơn Chủ tịch nước Nguyễn Minh Triết và đề nghị nhà nước Việt Nam tiếp tục tạo điều kiện thuận lợi để Giáo hội Công giáo Việt Nam được tham gia đóng góp trong các lĩnh vực từ thiện, xã hội nhất là y tế, giáo dục.

Tháng 02/2009, Tổ công tác hỗn hợp Việt Nam- Vatican được thành lập để xây dựng lộ trình quan hệ Việt Nam- Vatican. Tháng 4/2011, Việt Nam chấp thuận đại diện không thường trú của Vatican – Tổng Giám mục leopoldo Girelli được ra vào Việt Nam trong mối quan hệ với Giáo hội Công giáo Việt Nam và Nhà nước Việt Nam. Mối quan hệ giữa Việt Nam với Vatican như trình bày khác với trường hợp của Trung Quốc (1).  Hiện nay, ở Việt Nam, đạo Công giáo có trên 7 triệu tín đồ,  47 Giám mục, gần 4.000 linh mục, hơn 3.000 giáo xứ khoảng 9.000 giáo họ, hơn 100 dòng tu hoạt động với trên 15.000 tu sĩ hoạt động ở 27 giáo phận.

Qua tìm hiểu sơ lược như trên cho thấy, quá trình hình thành và phát triển đạo Công giáo ở nước ta đã trải qua nhiều thăng trầm, biến cố. Từ một tôn giáo hoàn toàn xa lạ với Việt Nam, đến nay đạo Công giáo là một trong những tôn giáo có số người tin theo lớn thứ hai (sau đạo Phật) trong các tôn giáo có mặt tại Việt Nam và đạo Công giáo đã có rất nhiều hoạt động ảnh hưởng trong đời sống văn hóa xã hội ở Việt Nam.